AWS fournit des environnements d’exécution Docker permettant d’exécuter des conteneurs Docker dans ECS. Les développeurs créent ces conteneurs depuis leurs environnements de développement. Ainsi, chaque conteneur possède tous les composants et bibliothèques nécessaires à son exécution, ce qui représente un avantage considérable pour les administrateurs système. Docker élimine la nécessité pour les administrateurs de résoudre les problèmes liés aux versions ou aux packages de bibliothèques incorrects, leur permettant ainsi de se concentrer sur la gestion des serveurs.
Les développeurs peuvent également utiliser des conteneurs Docker préconfigurés. Docker Hub est un référentiel de conteneurs préconfigurés et téléchargeables.
AWS ECS repose sur Docker et implémente des structures supplémentaires pour la gestion des clusters de serveurs.